พระสมเด็จบางขุนพรหมเป็นพระในสกุล “พระสมเด็จวัดระฆัง” ที่สร้างโดย เสมียนตาเจิม และปลุกเสกโดยสมเด็จพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี เป็นที่พึงปรารถนาแก่ประชาชนที่เคารพกราบไหว้พระคุณอันประเสริฐของท่าน ปีพุทธศักราช ๒๔๑๐ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี ท่านได้เริ่มการก่อสร้างพระพุทธรูปก่ออิฐถือปูนปางโปรดสัตว์ (ยืนอุ้มบาตร) โดยใช้ซุงทั้งต้นเป็นฐานราก และควบคุมการก่อสร้างด้วยตัวท่านเองที่วัดอินทรวิหารอันเป็นวัดที่ท่านได้จ าพรรษาอยู่เมื่อครั้งยังเป็นสามเณร ในระหว่างการก่อสร้างเสมียนตราด้วง ต้นสกุล ธนโกเศรษฐ และเครือญาติได้ปวารณาตนเองเป็นโยมอุปัฏฐากของท่านเจ้าประคุณสมเด็จโต
ครั้นในปี พ.ศ. ๒๔๑๑ "เสมียนตราด้วง" ต้นสกุล "ธนโกเศศ" ได้ทำการบรูณะพระอารามวัดใหม่อมตรส และปฏิสังขรณ์พระเจดีย์ไว้เพื่อเป็นมหากุศล และเป็นพระเจดีย์ประจำตระกูล ตามประเพณีนิยมในสมัยนั้น โดยได้สร้างพระเจดีย์ขึ้นสององค์ องค์ใหญ่เพื่อบรรจุพระพิมพ์ต่างๆ ตามโบราณคติในอันที่จะสืบทอดพระพุทธศาสนา และสร้างเจดีย์องค์เล็กเพื่อบรรจุอัฐิธาตุบรรพบุรุษ โดยเริ่มสร้างตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๑๑ จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๔๑๓ จึงแล้วเสร็จ จากนั้นจึงได้กราบนมัสการขอความเห็นจากสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี ในการสร้างพระสมเด็จเพื่อสืบทอดทางพระพุทธศาสนา และเป็นการสร้างมหาบุญแห่งวงศ์ตระกูล ท่านเจ้าประคุณสมเด็จโตได้ให้อนุญาต และมอบผงวิเศษที่ใช้ในการสร้างพระสมเด็จวัดระฆังของท่านให้ส่วนหนึ่ง (จากข้อเขียนของนายกนก สัชฌุกร ที่ได้สัมภาษณ์ท่านเจ้าคุณธรรมถาวรซึ่งมีชีวิตทันสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี ความว่า ได้ผงวิเศษประมาณครึ่งบาตรพระ และทุกครั้งที่ต าผงในครกท่านเจ้าประคุณสมเด็จจะโรยผงวิเศษของท่านมากบ้างน้อยบ้างตามอัธยาศัยจนกระทั่งแล้วเสร็จ) เมื่อได้ผงวิเศษแล้วเสมียนตราเจิม และทีมงานก็ได้จัดหามวลสารต่างๆตรงตามต าราการสร้างพระสมเด็จของสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี ทุกประการ ในเรื่องของการสร้างพิมพ์ขึ้นมาใหม่นั้นมีการจัดสร้างและแกะพิมพ์แม่แบบขึ้นมาใหม่ทั้งหมดจำนวน ๙ พิมพ์ เป็นพิมพ์ชิ้นเดียวตัดขอบและปาดหลัง โดยฝีมือของช่างสิบหมู่แห่งกรุงรัตนโกสินทร์น่าจะเป็นคนละทีมกับช่างที่แกะพิมพ์พระสมเด็จวัดระฆัง แต่เนื่องด้วยเป็นฝีมือช่างในยุคเดียวกันมีศิลปะในสกุลช่างเดียวกัน และต้นแบบที่สำคัญคือพิมพ์พระสมเด็จวัดระฆัง ดังนั้นพระสมเด็จวัดบางขุนพรหมจึงมีความสวยงามใกล้เคียงกันกับพระสมเด็จวัดระฆังเป็นอย่างยิ่ง